Här skär Fyrisån genom Uppsalaåsen och rinner ut i Mälarviken Ekoln. För 2000 år sedan var delar av Uppland fortfarande vattentäckt. De delar som nu ligger över 10 m-höjdkurvan stack upp som öar kringgärdade av vattenvägar. Lunsenplatån var en sådan stor ö.
Man seglade inåt Uppland på två viktiga vattenleder, Långhundraleden med infart från Östersjön vid nuvarande Österåker och Mälarleden med infart vid nuvarande Flottsund. Landhöjningen gjorde så att Långhundraleden grundades upp och den var inte längre farbar under tidig medeltid. Även Fyrisån vid Flottsund blev med tiden så uppgrundad att större båtar inte kunde passera.
Både Gustav Vasa och Johan III förordnade om muddringar.
Under 1500-talet fanns här färja och på 1600 och 1700-talen enklare flytbroar. Under 1800-talet var ångbåtstrafiken livlig till Uppsala och gästgiveri och krogar fanns här vid Flottsund.
Nuvarande bro är en öppningsbar svängbro. Vid bron gick länge gränsen mellan Uppsala- och Stockholms län. När Knivsta/Alsike-trakten införlivades 1971 i Uppsala kommun flyttades länsgränsen söderut. Nu, sedan 2003, är Knivsta en egen kommun och en gräns går åter vid bron.
När vi ser den framrusande starka trafiken på E4an är det svårt att föreställa sig att här över Flottsundsbron gick ända fram till 1960 den huvudsakliga trafikinfarten från Stockholm till Uppsala.